冷却体系是真空炉的重要部分。冷却水路应保持畅透，不然水温升高形成停机。这是真空炉作业经常披忽视的问题当无人办理时可能会导致真空炉的重大破坏。用生物分解化学辅佐方法处理冷却水，意图是保持矿物质呈悬浮态，减少橡皮管、蛇形管和水套内沉淀物累积，以使水流畅通。这一般选用一种主动装置来完结，它可以监测水的导电性，主动弥补化学剂，冲冼水路，增加新鲜水。    

与隶属蒸气过滤体系合作，这种方法还可以保证水的pH值操控，防止在冷却水体系中多余矿物质沉积。在体系作业稳定后，至少应每月一次进行水质试验以防过处理或欠过理。真空炉外壳和热交换器资料的试验样品也应放在水路体系中，每年做一次分量丢失查验以检查处理的作用。对分散泵的蛇形管冷却器有必要特别注意。应该经常检查。假如阻塞了，分散泵将会过热并丧失功能，并且还进一步引起分散泵加热器焚毁，形成昂贵的、费时的修补。当蛇形冷却水管阻塞时，将水路同水源断开，排水并用压缩空气吹通或用稀醋酸溶液冲刷。